玛瑙的历史十分悠久，它是人类最早利用的宝石材料之一。在地质历史的各个地层中，无论是火成岩还是沉积岩都能形成玛瑙。
一般认为原生玛瑙是由岩浆的残余热液形成的。这种热液充填在火山岩如玄武岩、流纹岩的空隙中，因空隙的形状不同，或成玛瑙球，或成玛瑙脉。经过自然力的作用，原生玛瑙脱落而出，再经过山洪冲击，流水搬运，磨成卵石。
云南保山和四川凉山的南红玛瑙的成因都是火山成因。但云南保山的南红玛瑙与凉山的南红玛瑙的产出形态并不一样。
火山喷涌形成南红玛瑙主要有两种形式，一种是岩浆上涌外泄式。这种方式是地下岩浆活动加剧向地表涌泄，但岩浆活动的剧烈程度不足，所以向上涌泄的力度不足，只能是小规模的喷发或像泉水一样向地表涌泄。形成的玛瑙多附在地表岩石周围的缝隙或孔洞中，形成典型的鸡窝矿或玛瑙脉，保山杨柳乡附近为鸡窝矿和玛瑙脉，而东山区域未形成玛瑙球，主要以玛瑙脉的形式存在。
另一种方式是地下岩浆活动非常剧烈，外泄方式无法满足其减压的要求，压力大而形成了喷发条件。瞬间的喷发，岩浆以极快的速度穿越地层，将岩石等一起喷向万米髙空。通过这种方式形成的玛瑙因为喷发力量大往往比较分散、个头较小，而且携带的杂质比较多。四川凉山南红就是比较典型的代表。
